Des inventaires nationaux ont été lancés dans les années 80 afin de recenser les espaces naturels terrestres français remarquables sur le plan écologique : les ZNIEFF (Zone Naturelle d’intérêt Ecologique, Faunistique et Floristique) et les ZICO (Zone d’Importance Communautaire pour les Oiseaux sauvages). Ces deux types de zone ne sont en fait que des outils de connaissance et n’ont pas de portée juridique.
C’est sur la base de ces inventaires qu’il a été permis d’identifier les espaces naturels les plus favorables aux espèces mentionnées par les 2 directives européennes. A partir de là, le Préfet soumet alors un projet de périmètre du site aux communes et aux établissements publics de coopération intercommunale afin d’affiner le périmètre. Cette concertation locale est primordiale pour tenir compte des spécificités et problématiques locales. Il transmet ensuite ce projet au Ministre en charge de l’Ecologie.
Au terme de cette procédure de consultation nationale et de sa validation européenne, les sites proposés sont désignés par arrêté ministériel en ZPS ou en ZSC : ils deviennent les sites Natura 2000.
En France chaque site doit ensuite se doter d’un plan de gestion appelé Document d’Objectifs (DOCOB).