Les objectifs de Natura 2000 sont :
- concilier la sauvegarde de la biodiversité et le maintien des activités humaines.
- faire participer les usagers du site à la gestion et au développement de leur territoire.
Afin que les partenaires s’approprient les enjeux de Natura 2000, et à travers ceux-ci les enjeux de la biodiversité et du développement durable de nos territoires, la France a choisi la 
concertation : citoyens, élus, agriculteurs, forestiers, chasseurs, pêcheurs, propriétaires terriens, associations, usagers et experts sont désormais associés à la gestion de chaque site. La participation active de l’ensemble des acteurs locaux et le dialogue au sein des comités de pilotage (COPIL) permettent à chacun de mieux comprendre à la fois les enjeux de conservation du patrimoine naturel et les enjeux socio-économiques du territoire, de partager des objectifs et finalement de construire une gestion de la nature fondée sur les savoirs des acteurs locaux.
Les outils contractuels :
- Les contrats Natura 2000 et les Mesures Agro-environnementales (spécifiques aux agriculteurs) permettent la mise en œuvre d’actions concrètes, volontaires, rémunérés ou aidées, en faveur de la réalisation des objectifs du DOCOB.
- La charte Natura 2000 est constituée d’une liste d’engagements de « bonnes pratiques » ne donnant pas lieu à rémunération mais ouvrant droit à des exonérations de taxe foncière.
- Les évaluations d’incidences visent à concilier projets d’aménagement et préservation de l’environnement. Tout projet d’aménagement susceptible d’affecter de façon notable un site Natura 2000 fait l’objet d’une évaluation d’incidences. L’objectif est de prévenir les éventuels dommages, directs et indirects, par la mise en place de mesures d’adaptation ou de compensation visant à atténuer ou éliminer les impacts.
Plus d’informations sur ces différents outils dans l’onglet « AGIR LOCALEMENT ».