Au travers des 2 directives européennes, les sites du réseau Natura 2000 protègent donc :
- des habitats naturels (ou semi-naturels) devenus rares ou menacés sur le territoire européen (liste et critères en annexe 1 de la directive « Habitats-Faune-Flore » CEE92/43)
- des espèces rares ou menacées et leurs milieux de vie (liste et critères en annexe 2 de la directive « Habitats-Faune-Flore » CEE 92/43, et annexe 1 de la directive « Oiseaux » CEE 79/409)
Les espèces visées par les annexes de ces 2 directives sont dites "d'intérêt communautaire". Elles peuvent justifier la désignation d'un site Natura 2000 pour une ou plusieurs des raisons suivantes :
- l'espèce est "en danger" de disparition,
- l'espèce est "vulnérable", c'est-à-dire que son passage dans la catégorie des espèces "en danger" est jugé probable dans un avenir proche en cas de persistance des facteurs qui sont cause de la menace,
- l'espèce est "rare", c'est-à-dire que ses populations sont de petite taille et que, bien qu'elles ne soient pas actuellement en danger ou vulnérables, risquent de le devenir,
- l'espèce est "endémique", c'est-à-dire qu'elle est présente uniquement sur un territoire bien particulier et en général, restreint. Ces espèces requièrent une attention particulière en raison de la spécificité de leur habitat.